Sinopsis
Ahora al mando del Edens Zero, Shiki Granbell ha reunido a las Four Shining Stars. Con el apoyo de sus nuevos compañeros, Shiki puede atravesar Dragonfall, la barrera del Sakura Cosmos infestada de dragones mecánicos. Una vez logrado eso, podrá reanudar su búsqueda de la diosa Madre. Antes de que la tripulación del Edens Zero pueda continuar, notan que un misterioso buque de guerra los sigue. Al descubrir que la nave, el Belial Gore, pertenece a Drakken Joe, Shiki y su equipo intentan infiltrarse para descubrir por qué el Alquimista Oscuro los está persiguiendo. En el proceso, los secuaces de Drakken toman el Edens Zero como rehén. Aunque atrapados en una situación terrible, Shiki se niega a rendirse. Uniéndose a sus amigos, Shiki debe derrotar al Alquimista Oscuro si quiere escapar con vida del Belial Gore.