En 2199, la Tierra yace en ruinas tras un brutal asalto del Imperio Gamilas. Los sobrevivientes se han refugiado bajo tierra para evitar el yermo irradiado de la superficie, pero a medida que la radiación mortal avanza inexorablemente, su refugio se vuelve insostenible. Con la extinción total acechando en solo un año, la desesperación reemplaza a la esperanza. Cada intento previo de huir o contraatacar ha sido rápidamente aplastado por las fuerzas alienígenas. Sin embargo, una transmisión desesperada desde el lejano planeta Iscandar en una galaxia vecina ofrece un posible salvavidas. En secreto, la Fuerza de Autodefensa de la Tierra desarrolla un motor de supervelocidad para el viaje. El acorazado de la Segunda Guerra Mundial Yamato es reacondicionado con armamento avanzado y tripulado por una valiente tripulación, transformándose en el Acorazado Espacial Yamato. Juntos, emprenden un peligroso viaje a través del cosmos para rescatar a la humanidad de su inminente condena.