El Proyecto Babilonia representa un enorme esfuerzo de renovación urbana en Tokio, que incluye la construcción de islas artificiales en la bahía. Mediante el uso de Labors, robots especializados diseñados para trabajos de construcción, los arquitectos y los equipos de obra aceleran la reurbanización de la ciudad. Sin embargo, después de que una figura central del proyecto sea hallada muerta en circunstancias sospechosas que aparentan ser un suicidio, el capitán Kiichi Gotou y su unidad Patlabor reciben la misión de investigar los extraños acontecimientos. Cuando varios Labors empiezan a funcionar mal y un programa de IA comprometido amenaza a los residentes de Tokio, Noa Izumi, joven piloto de su Patlabor, Alphonse, opera bajo el mando de Gotou para evitar que una catastrófica conspiración bíblica destruya la ciudad y la nación.

En esta entrega

Tres años después de la resolución de la conspiración del Proyecto Babilonia, los miembros del equipo Patlabor de Kiichi Gotou han tomado caminos separados. Gotou permanece en el equipo Patlabor junto a Shinobu Nagumo, su colega e interés romántico. Aprovechando la desconfianza del público hacia la Fuerza Terrestre de Autodefensa de Japón, una organización terrorista que opera desde dentro del ejército comienza a causar destrucción y disturbios civiles generalizados en todo Japón. Nagumo descubre que el cerebro detrás de la conspiración creciente es Yukihito Tsuge, su antiguo mentor y amante. Gotou reúne a su equipo original de Patlabor, encabezado por la piloto Noa Izumi. Mientras el equipo se prepara para arrestar a Tsuge, Nagumo debe enfrentar sus complicadas relaciones pasadas para salvar Japón.