La Alianza de la Esfera Terrestre Unida ha mantenido un control severo sobre la Tierra y sus colonias espaciales durante décadas. Después de que las colonias expresaron su oposición, su líder fue asesinado. En el año Colonia Posterior 195, los colonos rebeldes inician la "Operación Meteoro", enviando cinco poderosos trajes móviles a la Tierra para vengarse. Estos "Gundams", construidos con una aleación de Gundanio casi indestructible, lanzan una ofensiva contra la Alianza y su organización subordinada, OZ. Un Gundam, pilotado por alguien que usa el nombre del asesinado líder colonial Heero Yuy, se estrella en el océano tras un duelo atmosférico con el mejor piloto de OZ, Zechs Marquise. Al llegar a la orilla, lo descubre Relena Peacecraft, hija de un político que aboga por la paz, quien presencia el descenso de Heero. Aunque ninguno lo entiende aún, este encuentro influirá profundamente en sus vidas, así como en las de aquellos en la Tierra y las colonias espaciales.

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En el año 196 de la Colonia Posterior, un año después de la guerra civil intergaláctica, la Tierra y sus colonias permanecen en un frágil estado de estancamiento. Creyendo que sus trajes móviles Gundam han superado su propósito, los héroes de guerra Duo Maxwell, Heero Yuy, Trowa Barton y Quatre Raberba Winner resuelven eliminar las armas arrojándolas al sol. Sin embargo, la paz universal se ve interrumpida antes de que los Gundams lleguen a su destino por el ascenso de Mariemaia Khushrenada, la única hija del anterior aristócrata tiránico Treize. Mariemaia secuestra a la diplomática Relena Peacecraft y desvela la "Operación Meteoro", con el objetivo de completar desde ultratumba el sueño de Treize de dominación mundial. Con la ayuda del antiguo adversario Zechs Marquise y su traje móvil Tallgeese, los heroicos pilotos deben recuperar sus Gundams para librar una última guerra contra el régimen Khushrenada, que incluye enfrentarse a su antiguo camarada Wufei Chang, quien ahora ha jurado lealtad a los objetivos de Mariemaia.