Sinopsis
Dos décadas antes de los eventos de la historia, un asteroide en curso de colisión con la Tierra destruye Plutón. La destrucción detiene al asteroide, llamado Thanatos, y este se vuelve estacionario por un tiempo. Para prevenir la inminente aniquilación de la Tierra, la Agencia Internacional de Desarrollo del Sistema Solar (ISDA) emprende el "Proyecto D", descubriendo un huevo de dragón bajo el océano y creando el "Dragonaut". Esta arma tiene como objetivo destruir el asteroide cuando reanude su aproximación. Sin embargo, la ISDA pronto se da cuenta de que el asteroide no es el único peligro, ya que criaturas destructivas similares a dragones comienzan a aparecer en la Tierra. Jin Kamishina, un chico de 18 años que perdió a su familia en un accidente de transbordador dos años antes, presencia cómo una de estas criaturas mata a alguien. Se ve envuelto en los misterios que rodean a los dragones y es elegido como piloto del Dragonaut. Una misteriosa chica llamada Toa lo salva de caer a su muerte después de que la criatura lo ataque, y lo ayuda en su viaje. A medida que profundizan en los secretos de los dragones, se encuentran tanto con nuevos aliados como con adversarios, y su vínculo se fortalece.