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La justicia y su aplicación han evolucionado. En el siglo XXII, Japón opera bajo el Sistema Sibyl, un método objetivo para evaluar el nivel de amenaza de cada ciudadano analizando su estado mental en busca de intenciones criminales, conocido como su Psycho-Pass. Los Inspectores hacen cumplir la ley sometiendo —a menudo de forma letal— a cualquiera que muestre la más mínima mala voluntad; junto a ellos trabajan los Enforcers, ciudadanos que se han convertido en criminales latentes, a quienes se les concede una libertad limitada a cambio de llevar a cabo las sombrías tareas de los Inspectores. En este mundo entra Akane Tsunemori, una joven con un sincero deseo de defender la justicia. Pero al colaborar con Shinya Kougami, un Enforcer con años de experiencia, pronto descubre que los veredictos del Sistema Sibyl no son tan impecables como sus compañeros Inspectores creen. Con todo en lo que una vez confió puesto patas arriba, Akane lucha con la naturaleza de la verdadera justicia y si esta puede alcanzarse a través de un sistema que quizá ya está corrupto.

Un año y medio después de los eventos del thriller psicológico de ciencia ficción original, Akane Tsunemori continúa su trabajo como inspectora, ejecutando los veredictos del Sistema Sibyl. Se le unen nuevos ejecutores y la inspectora junior Mika Shimotsuki, una joven feroz e inquebrantablemente leal a Sibyl. Mientras Akane reflexiona sobre la esencia de su papel y la justicia de las decisiones de Sibyl, surge una nueva y perturbadora amenaza. Una figura en la sombra ha descubierto un método para manipular el Coeficiente de Criminalidad, un valor derivado de escáneres mentales que permite a Sibyl evaluar el bienestar psicológico y señalar a posibles criminales. Usando esta técnica, asesina a un ejecutor, dejando tras de sí una pista enigmática: las letras «WC?» pintadas con sangre en una pared. Akane y el resto de la División 01 pronto se ven atrapados en una lucha mortal contra este nuevo antagonista, enfrentándose a una conspiración que desafía no solo la autoridad del Sistema Sibyl, sino también los propios principios de Akane.

Después de que el estudiante de secundaria Kaname Sudou acepte la oferta de otro estudiante para probar Darwin’s Game, una misteriosa aplicación móvil, su curiosidad lo impulsa a instalarla. En el momento en que inicia el programa, una serpiente digital verde salta de la pantalla para morderle el cuello, dejándolo inconsciente. Recupera el conocimiento en la enfermería de la escuela sin lesiones visibles, y al decirle que descanse, racionaliza el incidente como una alucinación antes de irse a casa. Sin embargo, incapaz de sacudirse la intriga, Kaname vuelve a abrir la aplicación. Lo que comienza como un supuesto juego de lucha estándar da un giro aterrador cuando su oponente virtual aparece en el mundo real y lo ataca con una hoja. Mientras corre para salvar su vida, Kaname se da cuenta de que Darwin’s Game no es un pasatiempo casual, sino una letal batalla real.

A finales de la década de 1990 en Japón, los titulares de los periódicos están llenos de una serie de suicidios que comparten un patrón inquietante. Entre las muchas similitudes desconcertantes, un detalle es especialmente llamativo: cada víctima se precipitó al vacío desde el edificio Fujou, un rascacielos abandonado y deteriorado que se cierne sobre la ciudad. Shiki Ryougi, una chica de corazón frío que reside en un apartamento vacío, cree que estos sombríos eventos tienen un origen sobrenatural. Ella misma posee un poder místico, y junto con Touko Aozaki —que trabaja como detective, fabrica muñecas y se especializa en magia— y Mikiya Kokotou, quien actúa como asistente de Touko, Shiki se dispone a investigar los incidentes. Mientras navega por un mundo misterioso, Shiki va armando el rompecabezas para revelar las oscuras verdades ocultas detrás de los extraños sucesos.

Cuando Yuri Honjou, de 16 años, ve el cráneo de un hombre partido por un hacha, corre presa del pánico solo para darse cuenta de que está atrapada dentro de un edificio abandonado con todas las salidas misteriosamente bloqueadas. Desesperada por salir, se dirige a la azotea, solo para encontrarse varada en un mundo árido de rascacielos interminables sin rastro de vida. A pesar de la desesperación abrumadora, Yuri decide sobrevivir y buscar a su hermano tras saber que él también está atrapado en esta misma extraña realidad. Pero los asesinos enmascarados que se complacen en el terror y la violencia la hacen cuestionarse si alguna vez logrará escapar con vida.

Tras escapar de la Academia Hope's Peak, Makoto Naegi y sus compañeros supervivientes se unen a la Future Foundation, una organización dedicada a luchar contra la desesperación. Pero la situación da un giro cuando Naegi es arrestado por traición tras defender a los Remnants of Despair. Junto a Kyouko Kirigiri y Aoi Asahina, se presenta ante los ejecutivos de la Fundación, enfrentándose a un destino incierto. Las cosas empeoran cuando Monokuma se infiltra en la seguridad supuestamente impenetrable de la organización, anunciando de inmediato el inicio de un nuevo juego asesino. Cuando la primera víctima aparece como un presagio de desesperación renovada, Naegi, el Super High School-Level Lucky Student, debe una vez más resolver el misterio mientras sus camaradas caen uno a uno. Sin embargo, sin class trials, las reglas han cambiado: entre los dieciséis participantes desesperados, solo hay un asesino, y su muerte pondrá fin por fin a este juego infernal.

En la ciudad-estado de Cremona, un misterioso justiciero conocido como «Killer B» anda suelto. Armado con una hoja y habilidades sobrenaturales, imparte su propia forma de justicia, lo que le atrae tanto admiración como hostilidad. Al no lograr capturar a este forajido, el Servicio Real de Investigación (RIS) recurre a Keith Flick, un detective talentoso pero poco convencional que fue reasignado al Departamento de Archivos tras una pérdida personal. A medida que los crímenes pasan de ejecuciones silenciosas de criminales a ataques elaborados contra objetivos de alto perfil, queda claro que hay más de una persona detrás de ellos. Con la ayuda de su impulsiva compañera Lily Hoshina y del propio Killer B, Keith descubre una red de conspiraciones que involucran organizaciones secretas, terrorismo interno y experimentos humanos poco éticos. Cuando el RIS excede su autoridad, la verdadera magnitud de la corrupción gubernamental y la lealtad de quienes lo rodean quedan bajo escrutinio.

La inusual Clase 77-B de la Academia Hope's Peak recibe una nueva profesora, Chisa Yukizome, una exalumna conocida como la Super High School-Level Housekeeper. Llena de energía y habilidad, se esfuerza por sanar las relaciones rotas entre sus variados estudiantes, entre los que se incluyen una princesa, un profesional de la enfermería, un miembro de la yakuza y una persona increíblemente afortunada. Confiando en la fuerza de la esperanza, intenta guiarlos a través de sus disputas. Al mismo tiempo, Hajime Hinata, un estudiante del Curso de Reserva que siente que carece de cualquier habilidad especial, conoce a Chiaki Nanami, la Super High School-Level Gamer. A través del tiempo que pasan juntos, ella le ofrece una nueva forma de ver la vida. Pero sin que Hajime lo sepa, la administración de la escuela está orquestando un oscuro plan que lo involucra, el cual podría acabar con Hope's Peak y devastar el mundo. Zetsubou-hen sigue la vida cotidiana en la famosa academia mientras fuerzas oscuras actúan en las sombras. A medida que la desesperación se adueña lentamente de la esperanza, los responsables del Mayor, Más Horrible y Más Trágico Evento en la Historia Humana ponen en marcha su plan, marcando el inicio del fin.

Para Kimimaro Yoga, un estudiante universitario de economía de segundo año, el dinero es poder—y sin él, la vida no tiene valor. Viviendo en un país plagado por el colapso económico, lucha por sobrevivir mientras ve a sus compañeros disfrutar de vidas relativamente cómodas. Todo cambia cuando un hombre con sombrero de copa llamado Masakaki aparece en su puerta una noche avanzada. Masakaki invita a Yoga al Distrito Financiero del Este, un lugar rebosante de dinero para aquellos dispuestos a poner su "futuro" como garantía. Aunque duda, su codicia vence su cautela y acepta, convirtiéndose en un Entre. Sin que él lo sepa, este mundo de riqueza es en realidad un reino alterno modelado a partir del suyo, donde los Entres son forzados a participar en batallas semanales llamadas Deals, apostando su garantía. Enfrentándose a sus compatriotas y al destino mismo, Yoga debe aprender rápidamente a sobrevivir en esta nueva realidad—luchando para proteger tanto su fortuna como su futuro, y descubriendo lo que el dinero realmente vale.

El sistema Sibyl permite ahora a la sociedad medir los estados mentales en una escala numérica. Mediante el uso de estos "coeficientes delictivos", las autoridades pueden detener a un criminal antes de que llegue a cometer un delito. Pero ¿es este realmente un sistema perfecto? Para los inspectores Kei Mikhail Ignatov y Arata Shindou, esa pregunta sigue sin respuesta mientras inician su carrera en el Departamento de Investigación Criminal de la Oficina de Seguridad Pública. Shindou e Ignatov tienen la tarea de investigar el accidente de un barco que transportaba inmigrantes, y comienzan a sospechar que el incidente no fue un accidente. Al mismo tiempo, un misterioso grupo llamado Bifrost los observa desde las sombras, y no son los únicos que vigilan a los dos nuevos inspectores.

En el invierno de 1995, Mikiya Kokutou se encuentra con una joven mientras da un paseo nocturno por la nieve. Vestida con un llamativo kimono blanco y una expresión enigmática, Shiki Ryougi le sonríe a Mikiya, quien la mira con curiosidad. La primavera siguiente, Mikiya ve a Shiki en la ceremonia de ingreso a su instituto, y se vuelven conocidos al almorzar juntos y conversar. A medida que Shiki poco a poco se abre a él, Mikiya se entera de su inusual infancia. Mientras tanto, una serie de asesinatos sin precedentes ocurre en toda la ciudad de Mifune. Estos crímenes parecen estar relacionados y son especialmente violentos, lo que provoca una investigación policial a gran escala. Debido a que un familiar suyo trabaja como investigador policial, Mikiya obtiene información sobre el caso. Preocupado por la seguridad de Shiki, decide vigilar sus acciones, pero al hacerlo, hace un descubrimiento realmente impactante que altera su vida para siempre.

En noviembre de 1998, ocurre un doble asesinato en el recién construido complejo de apartamentos Ogawa, en el centro de la ciudad de Mifune. Tomoe Enjou, quien cometió el crimen, huye presa del pánico. Para su sorpresa, la policía no lo persigue y el incidente no recibe cobertura mediática. Después de que Shiki Ryougi proteja a Tomoe de un grupo de matones, ella lo deja esconderse en su casa. Unos días después, Tomoe se horroriza al descubrir que su madre sigue viva, aunque está seguro de haberla matado. Mientras tanto, Mikiya Kokutou investiga una pista que su asociada Touko Aozaki recibe sobre el asesinato en el inusual complejo de apartamentos. A medida que Mikiya descubre más detalles del incidente, se interesa especialmente por Tomoe. Decidido a indagar más a fondo, Mikiya pronto conoce la perturbadora verdad detrás del siniestro complejo Ogawa. La quinta entrega de la serie de películas Kara no Kyoukai, Mujun Rasen, combina un misterio intrincadamente construido con temas y personajes ya establecidos para crear una historia oscura y que invita a la reflexión.

Gesicht, un detective androide que trabaja para Europol, es asignado para rastrear al asesino de Montblanc, un héroe de guerra robot retirado. Aunque el crimen parece haber sido cometido solo por otro robot, el asesinato de un prominente defensor de los derechos de los robots plantea preguntas sobre quién es realmente el perpetrador. Salvo por un incidente aislado e inexplicable ocurrido hace ocho años, los robots están programados para no poder matar humanos. Sin embargo, la escena del crimen no muestra evidencia humana, y el método es lo suficientemente similar como para que Gesicht sospeche que la misma entidad —ya sea humana o robot— es responsable de ambas muertes. Poco después de la muerte de Montblanc, otro robot de guerra de élite retirado es eliminado en circunstancias misteriosas. Gesicht detecta un patrón: ambas víctimas se encontraban entre las siete máquinas de guerra más poderosas jamás construidas. Decidido a evitar que el asesino acabe con los cinco veteranos restantes, Gesicht solicita la ayuda de Atom, un androide de última generación con aspecto de niño humano. Juntos deben cazar al asesino rebelde antes de que los asesinatos continúen, o arriesgarse a causar daños irreparables a la sociedad.

En julio de 1998, en una noche oscura, la adolescente Fujino Asagami es brutalmente agredida y violada por una pandilla callejera dentro de un bar abandonado. Sin importar cuánta violencia física o sexual le inflijan, la muchacha responde con la misma expresión vacía e indiferente. Al día siguiente, en ese mismo lugar se descubren cuerpos mutilados, despedazados con tal ferocidad que los investigadores concluyen que el perpetrador no puede ser humano. Mientras tanto, un cliente lleva una solicitud a la agencia de detectives de Touko Aozaki, encargando a Shiki Ryougi que capture o elimine al responsable de la masacre de la noche anterior. Pronto surgen rumores de que una única sobreviviente escapó de la carnicería, y que el asesino ahora está derribando todo a su paso para cazar y eliminar a ese testigo. Comienza una feroz carrera contra el tiempo, mientras Shiki se enfrenta a un enemigo peligroso que permanece invisible incluso para sus legendarios ojos.

Tras los eventos de Satsujin Kousatsu (Zen), Shiki Ryougi permanece en coma durante dos años después de un accidente de tráfico. Cuando finalmente recupera la conciencia, se encuentra sin recuerdos de su pasado y abrumada por una profunda sensación de aislamiento. Aún más inquietante, percibe líneas oscuras alrededor de los objetos en su entorno; tocarlas le permite desmantelar el objeto, una habilidad que la asusta enormemente. Su amigo Mikiya Kokutou busca la ayuda de Touko Aozaki, quien posee conocimientos en magia y puede asistir a Shiki en la comprensión de lo que sus ojos —los "Mystic Eyes of Death Perception"— realmente implican y cómo usarlos correctamente.

En febrero de 1999, Shiki Ryougi y Mikiya Kokutou se sienten perturbados por una serie de asesinatos. Estos asesinatos guardan un inquietante parecido con una oleada de homicidios de 1995, el año en que Shiki y Mikiya se cruzaron por primera vez, y despiertan un anhelo letal y latente en el espíritu de Shiki que ha perdurado desde entonces. Al caer las sospechas sobre Shiki debido a su conexión con las muertes anteriores y su supuesto parecido con el asesino, ella y Mikiya inician su propia búsqueda del verdadero culpable. Mientras investigan por separado, Mikiya se vuelve más ansioso por la seguridad de Shiki y se apresura a localizar al asesino, con la esperanza de proteger a Shiki de sus propios impulsos internos. Siguiendo una pista de su primo, el detective de policía Daisuke Akimi, Mikiya desciende a las profundidades sombrías de la Ciudad de Mifune, donde la redención del alma de Shiki depende de su determinación para limpiar su nombre de una vez por todas.

En una era victoriana impulsada por vapor, llena de dreadnoughts y terrores ocultos, Zhou Mingrui se reencarna como Klein Moretti. Camina por una línea precaria entre la luz y la sombra, atrapado en los conflictos de las Iglesias enfrentadas. Esta es la historia de un potencial ilimitado...y un peligro inimaginable.

Durante las vacaciones de invierno, la Academia de Señoritas Reien se ve afectada por una serie de incidentes extraños. Azaka Kokutou, estudiante y aprendiz de magia, es enviada por quien la instruye a investigar el asunto. Descubre que otro mago ha estado robando recuerdos de estudiantes a través de hadas, entidades que, a pesar de su habilidad mágica, permanecen invisibles para Azaka. En consecuencia, también se envía a la academia a Shiki Ryougi, una persona conocida dotada de unos ojos únicos que pueden percibir lo que Azaka no puede, para que ayude. Sin embargo, no logran colaborar fácilmente, en gran parte porque Azaka considera a Shiki rival en el amor. Pero a medida que la situación con las hadas se intensifica rápidamente y capas más profundas del misterio salen a la luz, Azaka debe aprender a trabajar junto a Shiki para rescatar a sus compañeros de clase.

La Fundación Futuro yace en ruinas tras el Final Killing Game y la exposición de quien realmente orquestó todo. Cuando alguien entre los sobrevivientes idea un plan desesperado para eliminar la desesperación del mundo de forma permanente, los miembros restantes de la Fundación Futuro deben unirse para evitar esta catástrofe. Afortunadamente, reciben ayuda de un sorprendente grupo de aliados inesperados mientras se apresuran contra el tiempo para evitar que su mundo sea alterado para siempre. En este capítulo conclusivo del arco argumental de Hope's Peak en la serie Danganronpa, quienes participan en este interminable juego mortal comienzan a comprender el verdadero significado detrás de la desesperación, la esperanza y el camino hacia la redención.

Hace un tiempo, la enorme corporación Toue Inc. adquirió la isla japonesa de Midorijima para construir Platinum Jail, una opulenta instalación utópica. Solo las personas más ricas del mundo tienen la suerte de residir allí. Los habitantes originales de la isla se vieron obligados a mudarse al Antiguo Distrito Residencial y fueron completamente abandonados una vez que Platinum Jail se completó. "Rib" y "Rhyme" son los dos juegos más prevalentes en la isla. Rib es un pasatiempo tradicional en el que las bandas se enfrentan por disputas territoriales, mientras que Rhyme es un juego de alta tecnología donde los participantes batallan dentro de una realidad virtual. Para participar en Rhyme, uno debe poseer un "All-Mate" (una IA que suele parecerse a una mascota), y el combate debe ser supervisado por un "Usui". Aoba Seragaki no tiene deseo de participar en ninguno de los dos juegos; solo quiere vivir tranquilamente con su abuela y su All-Mate, Ren. Sin embargo, tras ser arrastrado a la fuerza a un peligroso combate de Rhyme y enterarse de rumores sobre la desaparición de jugadores de Rib, todas las esperanzas de Aoba de tener una vida normal se hacen añicos por completo.

Una década después de la Guerra de la Burbuja, la brecha entre ricos y pobres se ha ampliado a nivel mundial, y Japón refleja esta tendencia. Los adinerados buscan su propia gratificación y placeres, convirtiendo a Tokio en una ciudad moldeada por tales deseos. Saiga, que antes se dedicaba a la fotografía de guerra, ahora trabaja para Hibara Ginza dentro del marco capitalista de Tokio. Se cuela en el Club Roppongi, un establecimiento clandestino en el distrito rojo de la ciudad, con el objetivo de recopilar información sobre ellos. Sin embargo, capturan a Saiga y lo llevan ante una chica llamada Kagura, que está realizando un ritual. Su encuentro con Kagura desencadena su habilidad latente: el poder de provocar explosiones al fotografiar objetos. Con la determinación de descubrir los secretos del Club Roppongi y de Kagura, Saiga emprende una lucha solitaria.

Un vehículo conducido por Izumi Yasaka, quien recientemente había huido de una instalación de aislamiento y rehabilitación para criminales latentes llamada Sanctuary, es reportado mientras se dirige hacia el edificio de la Oficina de Seguridad Pública antes de estrellarse contra él. Justo cuando los inspectores Mika Shimotsuki y Akane Tsunemori se preparan para interrogar a la persona sospechosa, reciben una orden urgente de la instalación exigiendo que Izumi sea devuelta de inmediato. Entendiendo esto como una directiva del Jefe de Sanctuary y la junta directiva, los inspectores acceden pero insisten en escoltar personalmente a la persona de vuelta. Tsunemori planea continuar su investigación en la Oficina con el resto del equipo. Este caso le da a Shimotsuki la tan esperada oportunidad de liderar una investigación importante como oficial principal. La historia sigue a Shimotsuki y su equipo de Ejecutores mientras indagan en las verdades ocultas de Sanctuary.

Los inspectores Arata Shindou y Mikhail Kei Ignatov han descubierto una peligrosa conspiración. El Sistema Sybil, el último árbitro del carácter humano en Japón, está siendo socavado por un sindicato criminal que acumula silenciosamente riqueza y poder en las sombras. Ahora, el agente de Bifrost, Kouichi Azusawa, lanza un asalto directo al Departamento de Investigación Criminal (CID) al tomar su cuartel general y mantener a Shindou y a todos los demás en su interior como rehenes. El supervisor de la Unidad 01 del CID, junto con la jefa Mika Shimotsuki y los exmiembros de la unidad Shinya Kougami y Nobuchika Ginoza, deben retomar el edificio y rescatar a todos los atrapados. Más allá de la crisis de rehenes y la exigencia de Azusawa de la renuncia de la gobernadora de Tokio, Karina Komiya, un plan más oscuro se desarrolla en el trasfondo: un plan secreto que obligará a Shindou a enfrentarse no solo a Azusawa, sino también a su propio pasado. Estos eventos lo acercan lentamente a desvelar el misterio que ha eludido tanto a él como a su mejor amigo, Ignatov, durante muchos años.

Shinya Kougami continúa su viaje por la Unión del Sudeste Asiático (SEAUn), lejos de la vigilancia del Sistema Sibyl en Japón. Mientras cruza el Reino de la Alianza Tibet-Himalaya, conoce a Guillermo García, el comandante de una organización paramilitar que trabaja para unificar las diversas facciones de la región y llevar la paz al país devastado por la guerra. Cauteloso ante la idea de unirse a otro grupo mercenario, Kougami rechaza la oferta de García, pero acepta un viaje a la cercana capital tibetana con uno de los hombres de García. Su intención de mantenerse al margen de problemas se desvanece cuando unos guerrilleros armados tienden una emboscada a un autobús lleno de refugiados. Entre ellos se encuentra Tenzing Wangchuck, una chica mitad japonesa, mitad tibetana. Impresionada por las habilidades de combate de Kougami, quien neutraliza a los atacantes por sí solo, Wangchuck le pide que la entrene en la lucha para que pueda vengarse del señor de la guerra responsable del asesinato de su familia. Sabiendo por experiencia propia que quitarle la vida a un ser humano cambia a una persona irreversiblemente, Kougami duda en aceptar. Sin embargo, confrontado por la sed de venganza de la chica —que refleja el vacío oscuro dentro de su propia alma—, debe decidir si entrenarla o no.