Un año después de desaparecer, Shinpachi Shimura regresa a Edo, solo para descubrir que sus compañeros de la Yorozuya, Gintoki y Kagura, actúan como completos desconocidos. Presa del pánico, huye de la sede y se da cuenta de que todos en la ciudad han sufrido cambios extraños tanto en apariencia como en personalidad. El giro más increíble es que su hermana Otae ahora está casada con Isao Kondou, quien dirige el Shinsengumi y la ha estado acosando persistentemente, y espera su primer bebé. Confundido pero obligado por Otae y Kondou, Shinpachi se une al Shinsengumi, donde descubre alteraciones aún más impactantes dentro del grupo. Cuando se entera de que Toushirou Hijikata, subjefe del Shinsengumi, se ha mantenido exactamente igual, forma equipo con el oficial inmutable para restaurar Edo a su estado anterior. Continuando con su característica mezcla de humor crudo, parodias ingeniosas y referencias descaradas, Gintama' lleva al equipo Yoruzuya a través de otra serie de aventuras caóticas en el animado entorno de Edo infestado de alienígenas.