Sinopsis
Hace mucho tiempo, una raza llamada Shadow Angels atacó la Tierra para drenar la fuerza vital de todos los que vivían allí. Mediante un milagro extraordinario, los Shadow Angels cayeron en letargo, permitiendo que la humanidad sobreviviera otros 12,000 años sin temor a ellos. Sin embargo, 11 años después de que una catástrofe conocida como Holy Genesis devastara el planeta, los Shadow Angels despertaron y reanudaron sus ataques. Para darle a la humanidad una oportunidad de luchar, se estableció una organización llamada DEAVA y se desplegó un arma robótica llamada Aquarion. Para desbloquear todo el potencial de Aquarion, tres pilotos deben unir sus corazones, cuerpos y almas, una hazaña que solo unos pocos pueden lograr. En consecuencia, la búsqueda de los llamados 'Element Users' se convirtió en una prioridad, con la esperanza de asegurar el futuro de la humanidad. Sousei no Aquarion sigue la historia de Apollo, un joven casi salvaje criado en la pobreza, que se cree que es la reencarnación de un héroe legendario. Después de que la persona más cercana a él es llevada por los Shadow Angels, Apollo decide convertirse en piloto de Aquarion. ¿Podrá cambiar el rumbo de la guerra y liberar a la humanidad de la amenaza de los Shadow Angels de una vez por todas?