Sinopsis
En 1999, Amamori Hajime es un típico estudiante de primaria, ocupado con sus estudios y pasando el rato con sus excéntricos amigos. Un día, su padre prueba un equipo que ha estado desarrollando, provocando una explosión que destruye su hogar y deja a Hajime huérfano. Es acogido por su tío, un astrónomo. En el observatorio de su tío, Hajime se encuentra con una chica que había visto antes y por la que había desarrollado un pequeño interés amoroso. Descubre que su nombre es Yukino Yayoi, y que sus padres regentan un puesto de ramen en la ciudad. Mejor aún, ¡ella trabaja como asistente de su tío, qué suerte! Pero Yayoi no es lo que parece. Hay una razón por la que ayuda a Amamori-san en el observatorio. Ella es la Reina Milenaria (Sen-Nen Joou), elegida por su planeta natal LaMetal para venir a la Tierra y ayudar a prepararse para la posible destrucción del planeta. ¿Qué desastre se aproxima? LaMetal tiene una órbita altamente elíptica que lo acerca extremadamente a la Tierra cada 1000 años. Cuando se acerca, la Tierra reacciona, desencadenando desastres naturales generalizados. Aunque fue seleccionada pensando en la protección de LaMetal, su plan personal es evacuar a tantos humanos como sea posible hacia LaMetal, para que puedan sobrevivir si su propio planeta es destruido. Sin embargo, una persona se esfuerza por detenerla: el líder de los Millennial Theives. ¿Por qué quiere impedir el plan de Yayoi? ¿Y cómo sabe él sobre la Reina Milenaria en primer lugar?