Sinopsis
Giovanni, el líder del Team Rocket, localiza a Mewtwo en una zona apartada de la región Johto. Mientras intenta recapturarlo, Domino, quien se ha unido recientemente al Team Rocket, secuestra a Ash y sus amigos cuando tratan de rescatar a Pikachu de Jessie y James. También capturan a los Pokémon clon y los usan como señuelo para atraer a Mewtwo. Lo que sigue es un choque de voluntades entre Mewtwo y Giovanni, en el que Mewtwo también se esfuerza por comprender si su existencia y la de los clones tiene algún significado, a pesar de ser creaciones de la ciencia.