Chiharu, ein übermenschliches Wesen, und Makina, eine kybernetisch erweiterte Person, werden dazu verurteilt, die Milky☆Subway zu reinigen, einen alternden interplanetaren Zug, nachdem sie wegen rücksichtsloser Raumfahrt festgenommen wurden. Man könnte meinen, dies sei eine einfache Aufgabe, doch sie ist alles andere als einfach. Als der Zug plötzlich anfährt, werden die beiden in ein chaotisches Hochgeschwindigkeitsspektakel gestoßen, das von fehlender Planung und Strategie geprägt ist und allein von roher Dynamik angetrieben wird.
