Mamoru Suzuhara, ein introvertierter Oberschüler, verbringt seine Freizeit mit Lektüre über moderne Kriegsführung. Als er erfährt, dass seine heimliche Liebe Aya Chiyono widerwillig mit ihrer Familie in der folgenden Woche wegzieht, nimmt er all seinen Mut zusammen und bittet sie, mit ihm durchzubrennen. In der Folge machen sich Mamoru, Aya und vier ihrer Mitschüler auf zur verlassenen Satomi-Kohlefabrik und campieren dort. Nachdem sie ihren ersten Tag genossen haben, kommen sie zu der erschreckenden Erkenntnis, dass sie in der Fabrik möglicherweise nicht allein sind.
Bokura no Nanokakan Sensou, basierend auf dem gleichnamigen Roman, ist eine Geschichte über das Erwachsenwerden, die von einem Akt der Rebellion erzählt, der zu einem umfassenden Krieg gegen die Erwachsenen eskaliert. Währenddessen kämpfen die Kinder darum, ihre Gefühle zu offenbaren und zu schützen, was ihnen lieb ist.
