Adaptiert aus dem Shounen-Manga von Akamatsu Ken, der im Shounen Magazine veröffentlicht wurde, dreht sich diese Geschichte um Negi Springfield, einen zehnjährigen Zauberer aus Wales, der danach strebt, in die Fußstapfen seines abwesenden Vaters als Magister Magi zu treten – eine einzigartige Art von Magier, der gewöhnlichen Menschen hilft und seine Arbeit oft als humanitäre Hilfe durch NGOs tarnt. Zunächst als Englischlehrer an der Mahora Academy in Japan eingesetzt, wird Negi einer Mittelschulklasse mit 31 Mädchen zugeteilt, die alle älter sind als er. Doch die ruhigen Schultage werden bald erschüttert, als Personen auftauchen, die mit der Vergangenheit seines Vaters in Verbindung stehen, und Negi gezwungen ist, magische Verträge mit mehreren seiner Schülerinnen zu schließen, um die aufkommenden Bedrohungen zu bewältigen. Mit der Zeit bricht er mit seinen Gefährten in die Magische Welt auf, um seinen lange verschollenen Vater zu suchen. Dieser Film markiert das Finale der Reise, die in den OVAs Shiroki Tsubasa Ala Alba und Mou Hitotso no Sekai dargestellt wird.