Vor einem halben Jahrhundert tauchten auf der ganzen Welt furchterregende Wesen auf, die als „Feinde der Menschheit“ bekannt sind. Als Reaktion darauf trainieren junge Menschen mit übernatürlichen Fähigkeiten, den sogenannten „Talenten“ – wie Pyrokinese und Zeitreise – auf einer abgelegenen Inselakademie, um gegen sie zu kämpfen. Nanao Nakajima sticht hervor, weil er kein Talent besitzt. Obwohl er oft von seinen begabten Mitschülern gemobbt wird, setzt er sein Training fort. Die Situation ändert sich mit der Ankunft zweier neuer Schüler: Kyouya Onodera (mysteriös) und Nana Hiiragi (Gedanken lesend). Als die Gruppe beginnt, sich als Nakama zu verbinden, ereignen sich seltsame Verschwinden, die die Stabilität ihrer Klasse bedrohen.
