Shin Hazama verschloss sich emotional, nachdem seine Mutter während seiner Kindheit auf mysteriöse und plötzliche Weise gestorben war. Da sein Wissenschaftler-Vater in seine Forschung vertieft war, war seine einzige Stütze seine Jugendfreundin Kotori Izumi, die fröhliche und gutherzige Tochter des Arbeitgebers seines Vaters. Als sich ihr drittes Jahr an der Oberschule dem Ende zuneigt und der Abschluss näher rückt, beginnen Shin und Kotori endlich gemeinsam voranzukommen, sowohl im Leben als auch in der Liebe.
Diese fragile Stabilität zerbricht, als Shins Vater ebenfalls unerwartet stirbt. Bevor sie den Verlust verarbeiten können, decken Shin und Kotori die Wahrheit hinter dem Tod seiner Eltern auf, nachdem sie auf Agenten aus einem hochtechnisierten, dystopischen Japan treffen, das in einem Paralleluniversum existiert. Unter ihnen ist Jin, Shins „relatives Selbst“, der gegen die menschenähnlichen Waffen Miko und Niko kämpft. Da die Leben relativer Selbst miteinander verbunden sind, hat Jin zwei Ziele: den verletzlichen Shin beschützen, um beide Existenzen zu sichern, und Kotori töten, um die eiserne Regel ihres relativen Selbst, Prinzessin Kotoko, zu brechen – seine Erzfeindin und diejenige, die seine Eltern ermordete. Angesichts dieser neuen Realität müssen Shin und Kotori ihre wahren Gefühle füreinander bekennen, selbst wenn ihre Welt dazu bestimmt ist, morgen unterzugehen.
