Nachdem die Erde (Terra) durch Umweltverschmutzung unbewohnbar geworden war, richteten die globalen Regierungen die Oberste Herrschaft (Superior Domination) ein, um den Weltraum zu kolonisieren. Jahrhunderte vergehen, und die Menschheit gibt ihre Freiheit an die KI Grand Mother ab; mit 14 Jahren werden die Bürger einer Gedächtnislöschung unterzogen und erhalten soziale Rollen zugewiesen. Jomy Marquis Shin, ein sanfter Jugendlicher, der von seinen Eltern beschützt wird, wird von der Führung der Mu, Soldier Blue, vor diesem Schicksal bewahrt. Die Mu sind eine psychische menschliche Unterart. Da sie Jomy als Bedrohung ihrer Ordnung betrachten, verfolgen ihn die Behörden der SD, was ihn zu den Mu führt, die auf dem Raumschiff Shangri-La leben. Jahre später reist Jomy als Anführer des Mu-Widerstands zur Erde, um Keith Anyan zu entkommen, einem rücksichtslosen und ehrgeizigen Mitglied der SD. Jomy und seine Anhänger müssen den Ursprung der Menschheit erreichen, bevor Keith ihre letzte Überlebenschance vernichtet.