Die drei Brüder erfahren, dass das menschliche Experiment, das nach der Zerstörung der „Orochi“ verboten wurde, heimlich fortgesetzt wird, um die böse Schlange wiederzubeleben. Sie entdecken zudem, dass ehemalige Mitglieder der Yamainu, der japanischen Militäreinheit, die zur Vernichtung der Schlange gegründet wurde, hinter diesem Komplott stecken. Die Brüder vereinen sich erneut, um gemeinsam in einer Schlacht gegen das Militär zu kämpfen.