Das Jahr ist 2045. Nach dem Globalen Simultanen Zahlungsausfall – einer wirtschaftlichen Katastrophe, die alle Nationen destabilisierte – und der rasanten Entwicklung künstlicher Intelligenz ist die Welt in einen Nachhaltigen Krieg eingetreten, einen Konflikt, der darauf ausgelegt ist, endlos zu bestehen. In dieser nahen Zukunft hat der Niedergang noch nicht einen Punkt erreicht, an dem die Menschen die existenzielle Bedrohung durch KI in ihrem Alltag wahrnehmen.
Um den Cyberverbrechen der Posthumanen – einer neu entstandenen Spezies Menschheit – entgegenzutreten, begibt sich die Öffentliche Sicherheitsabteilung 9 unter der Leitung von Kusanagi Motoko, einer Vollkörper-Cyborg, nach Tokio, einer Stadt, die in einem früheren Konflikt in Schutt und Asche gelegt wurde. Dort stoßen sie auf eine Flüchtlingsgruppe, die sich „N“ nennt, und eine feindselige Einheit amerikanischer Spezialkräfte. Als die Gefahr eines durch ein gekapertes U-Boot ausgelösten Atomkriegs eskaliert, verschärft sich der Dreikampf zwischen Abteilung 9, den Vereinigten Staaten und den Posthumanen zunehmend.
