In Arkham Asylum liefert Batman sich einen Kampf mit Gorilla Grodd und versucht dabei, dessen neueste Schöpfung zu zerstören: den Quake Engine. Während des Kampfes wird die Maschine aktiviert, und das gesamte Gefängnis verschwindet mitsamt Batman spurlos in der Luft. Als sich das Chaos legt, steht Batman auf einer fremden Straße. Ihm wird schnell klar, dass er sich nicht mehr in Gotham City befindet, sondern im feudalen Japan.
Das Staunen verfliegt, als Samurai ihn angreifen und töten wollen. Bei seinen Ermittlungen erfährt Batman, dass sein langjähriger Erzfeind, der Joker, den Befehl zu seiner Tötung gab. Nachdem er Catwoman trifft, erfährt er, dass die Verbrecher aus dem Gefängnis zwei Jahre zuvor dort angekommen waren – jeder regierte eine andere Region Japans, mit dem Joker als dominantem Kriegsherrn.
Um nach Hause zurückzukehren, muss Batman den Quake Engine reaktivieren, der sich in den Überresten des Gefängnisses, heute bekannt als Arkham Castle, befindet. Es gibt jedoch ein großes Problem: Abgesehen von seinem Utility Belt ist der Großteil seines Arsenals verschwunden. Ninja Batman begleitet den Dark Knight dabei, wie er sich in einer seltsamen neuen Welt zurechtfindet und sich vertrauten Feinden stellt, um heil nach Gotham zurückzukehren.
