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Die letzte Episode von Cyborg 009: The Cyborg Soldier wurde nie im Fernsehen gezeigt. Sie kam zwei Jahre nach dem Ende der Serienausstrahlung auf DVD heraus.

Skull, der finstere Kopf der Terrorgruppe Black Ghost, befehligt neun beeindruckende Cyborgs. Doch Dr. Isaac Gilmore, der Kybernetik-Experte der Organisation, beschließt, seine Arbeitgeber zu verraten. Er hilft den Cyborgs, sich gegen Skull und sein verbrecherisches Syndikat aufzulehnen. Black Ghost will einen neuen globalen Konflikt entfachen, indem es den Markt mit Massenvernichtungswaffen überschwemmt. Da die Organisation entschlossen ist, die neun Cyborgs zu eliminieren, stehen die Helden vor einer gewaltigen Herausforderung, den drohenden Krieg zu stoppen.

Um die Geheimnisse der Unsterblichkeit zu lüften, versammelten sich Wissenschaftler aus aller Welt, um das „Heaven’s Gate“ zu untersuchen, das Grab-Laboratorium des legendären Gilgamesh. Als das Projekt als unethisch verurteilt und eingestellt wurde, ignorierte eine terroristische Gruppe den Stopp und drang in die Anlage ein, was eine Explosion auslöste, die die fortgeschrittene Informationszivilisation zerstörte. Jahre später fliehen die Geschwister Tatsuya und Kiyoko Madoka vor Schlägern, geraten jedoch bald in einen Konflikt zwischen zwei geheimnisvollen Fraktionen. Beide Gruppen behaupten, im Interesse der Gesellschaft zu handeln, und zwingen die Geschwister zu entscheiden, welche Seite ihr Vertrauen verdient.