2089 n. Chr. – acht Jahrzehnte sind vergangen, seit der Space War I das Leben sowohl der Menschheit als auch der Zentraedi veränderte. Die beiden Rassen leben friedlich auf der Erde zusammen, als eine neue außerirdische Spezies, die Marduk, im Sonnensystem auftaucht. Während das SNN-Nachwuchsmitglied Hibiki Kanzaki über die erste Auseinandersetzung zwischen der U.N. Spacy und der Marduk-Flotte berichtet, begegnet Hibiki Ishtar, einem als „Emulator“ bezeichneten Wesen, das die Kampffähigkeiten der Marduk durch Gesang verstärkt. Hibiki bringt Ishtar zurück zur Erde, um Ishtar die Konzepte von Leben und Kultur näherzubringen. Gemeinsam mit dem Valkyrie-Ass Silvie Gena müssen Hibiki und Ishtar einen Weg finden, die vollständige Vernichtung der Erde durch Ingues, das Oberhaupt der Marduk, zu verhindern.