Hakoniwa Academy Student Council

Nach dem Sieg von Medaka Kurokami und ihrem Schülerrat über Myouri Unzen genoss die Hakoniwa-Akademie kurzzeitig Frieden – doch das hält nicht lange an. Medaka, Zenkichi Hitoyoshi, Kouki Akune und Mogana Kikaijima werden bald in eine neue finstere Verschwörung namens „Flask Plan“ verwickelt, die vom Schulleiter selbst orchestriert wird. Bevor sie sich dem stellen können, muss sich der Rat zunächst mit einer neuen Gruppe übermenschlicher Schüler auseinandersetzen, die sich selbst als „Thirteen Party“ bezeichnen, angeführt vom arroganten, aber beeindruckenden Oudo Miyakonojou. Zwischen dem mysteriösen Flask Plan, Oudos Tyrannei und der Rückkehr eines alten Widersachers bleibt die Hakoniwa-Akademie alles andere als ruhig, und Medaka und ihre Freunde sind überfordert, während die Dinge noch abnormaler werden.

Medaka Kurokami verkörpert Perfektion in jeder Hinsicht – sie ist umwerfend, brillant und sportlich begabt, mit dem aufrichtigen Wunsch, anderen Glück zu bringen. Als sie an der elitären Hakoniwa Academy für das Amt der Schülerratspräsidentin kandidiert, überrascht ihr Sieg mit 98 % der Stimmen niemanden. Unmittelbar nach ihrem Amtsantritt richtet die überschwängliche Präsidentin die „Medaka Box“ ein, einen Vorschlagskasten, in dem Schüler jede Art von Hilfe anfordern können. Gemeinsam mit ihrem zynischen Kindheitsfreund Zenkichi Hitoyoshi, der widerwillig dazu gebracht wird, ihr zu helfen, erledigt Medaka diese Aufgaben in erstaunlichem Tempo. Für jede erledigte Arbeit stellt sie eine Blume im Schülerratszimmer auf, mit dem Ziel, irgendwann die gesamte Schule mit Blüten zu bedecken. Doch je tiefer sie eintauchen, desto mehr erkennen die beiden, dass das Helfen anderer weitaus schwieriger sein könnte als erwartet – und sie decken einen finsteren Plan auf, der sich sowohl gegen die Akademie als auch gegen Medaka selbst richtet.