Vor fünfzig Jahren rettete ein außerirdischer Riese des Lichts namens Ultraman die Erde und verschwand dann. Ultramans menschlicher Wirt, Shin Hayata, wurde ohne jede Erinnerung an seine Zeit als Held zurückgelassen. Hayatas junger Sohn Shinjirou wird entdeckt, als jemand, der mit einem weitaus stärkeren und widerstandsfähigeren Körper als jeder normale Mensch geboren wurde. Die Organisation, die einst Ultraman unterstützte, das SSSP, offenbart Hayata seine Vergangenheit. Daraufhin legt sein Vater wieder einen Kampfanzug an und übernimmt erneut die Rolle von Ultraman.
Eines Nachts wird Shinjirou von einem Alien namens Bemular angegriffen und von seinem Vater gerettet, der im Kampf schwer verletzt wird. Da gefährliche Außerirdische in der Stadt lauern und Hayata handlungsunfähig ist, liegt es an Shinjirou, die Fackel weiterzutragen. Doch während er mit dem SSSP als der neue Ultraman zusammenarbeitet, beginnt Shinjirou zu hinterfragen, wie weit er bereit ist zu gehen, um Menschen zu helfen.
