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Der erbitterte Kampf in Kamihama City eskaliert. Während Walpurgis Night auf Mitakihara City zusteuert, richtet sich die Aufmerksamkeit auf Embryo Eve – ein künstliches, noch inaktives Wesen, das angeblich magische Mädchen von ihrem Schicksal befreien kann. Als die Wings of Magius der Durchführung ihres Plans nahekommen, entgleitet Iroha Tamaki ihre letzte Gelegenheit, die Organisation aufzuhalten. Obwohl die Hoffnung schwindet, befeuert ein verbliebener Glaube an eine hellere Zukunft ihre letzte Anstrengung, und dabei deckt sie Erinnerungen an eine Geschichte auf, die durch das Wirken des Schicksals verändert wurde.

Nach einem kühnen Ausbruch aus dem Memory Museum kehrt Sayaka Miki mit beunruhigenden Enthüllungen nach Mitakihara City zurück. Sie teilt Madoka Kaname und Homura Akemi den Aufenthaltsort von Mami Tomoe mit, legt aber auch die düstere Realität hinter der Existenz der Magischen Mädchen offen. Im Bewusstsein des tragischen Schicksals, das ihnen bevorsteht, willigen die drei ein, zusammenzuarbeiten, um Mami endgültig zu retten. Gleichzeitig verfolgt Yachiyo Nanami in Kamihama City verschiedene „Gerüchte“, um das Hotel Fendt Hope zu lokalisieren, die Basis der Wings of Magius. Diese Organisation ist ihr einziger Hinweis auf das Verschwinden von Iroha Tamaki. Begierig darauf, das Team Mikazuki Villa wiederherzustellen, schwört Yachiyo, die Wings of Magius zu zerschlagen und ihre üblen Machenschaften zu stoppen. Inmitten dieser chaotischen Ereignisse taucht eine katastrophale Gefahr auf, die droht, die ganze Welt in einen ernsten Konflikt zu stürzen.

Gerüchten zufolge erfüllt eine weiße Fee jeden Wunsch, wenn ein junges Mädchen einen Pakt mit ihr schließt. Im Gegenzug wird sie zu einem magischen Mädchen und muss ihr Leben riskieren, um schreckliche und bösartige Hexen zu besiegen. Iroha Tamaki, eine sanfte Mittelschülerin aus Takarazaki City, beweist, dass diese Geschichten wahr sind. Bewaffnet mit einer magischen Armbrust und der Fähigkeit, Wunden zu heilen, sucht Iroha nach den Labyrinthen, in denen Hexen lauern, und beseitigt sie, bevor sie Menschen angreifen können. Allerdings kann Iroha sich nicht an ihren Wunsch erinnern, und selbst Kyuubey, der als weiße Fee bezeichnet wird, scheint nicht zu wissen, was sie sich gewünscht hat. Eines Tages hört Iroha von einer Stadt, in der „magische Mädchen gerettet werden können“, und findet sich selbst dabei, bei Sonnenuntergang in einen Zug nach Kamihama City zu steigen. Unglücklicherweise erfährt sie, dass die Hexen dort deutlich stärker sind als gewöhnlich. Nachdem die erfahrene magische Kämpferin Yachiyo Nanami gezwungen ist, sie zu retten, schwört Iroha, niemals zurückzukehren. Doch als eine zufällige Begegnung mit einem winzigen Kyuubey vage Erinnerungen wachzurufen scheint, fühlt sich Iroha gezwungen, die geheimnisvolle Stadt trotz der Gefahr zu erkunden.