Mehrere Monate, nachdem eine vom Mars zurückkehrende Sonde beim Wiedereintritt zerfällt, tauchen in Tokio mysteriöse Kreaturen auf, die als „Ancients“ bekannt sind. Diese aggressiven und gefährlichen Wesen können mit konventionellen Waffen nicht beseitigt werden. Während Wissenschaftler verzweifelt nach dem Grund für ihr plötzliches Auftauchen suchen, verursachen die Monster weltweit massive Zerstörung.
Die Menschheit entdeckt Hoffnung mit dem MARS-Anzug – einer neuen Waffe, die entwickelt wurde, um diese Feinde zu bekämpfen. Allerdings kann der Anzug nur von Personen mit einer bestimmten DNA bedient werden. Erscheint Takeru Hinata, ein typischer Teenager mit einer schwierigen Vergangenheit und einer der wenigen, die das einzige wirksame Mittel gegen die Ancients steuern können. Unterstützt von der AAST, einer speziellen Polizeieinheit, die zur Bekämpfung der gefährlichen Kreaturen gebildet wurde, kämpft der junge Mann gegen sowohl persönliche als auch weltweite Dämonen, während er versucht, den wahren Ursprung der neuen Bedrohungen der Erde aufzudecken.
