Die Teikou-Mittelschule beherrschte die letzten drei Jahre die nationale Basketballszene dank ihrer legendären Formation, der „Generation of Miracles". Diese fünf Wunderkinder waren sportlich überragend, doch im Schatten lauerte ein „Phantom Sixth Man", der den verehrten Status des Teams festigte. Ihr monströses Wachstum entfremdete sie jedoch von der Sportart, die sie liebten, und führte dazu, dass sie in der Oberschule getrennte Wege gingen.
Das Basketballteam der Seirin-Oberschule wirbt auf der Suche nach neuen Mitgliedern Taiga Kagami und Tetsuya Kuroko an, zwei Neulinge mit scheinbar enormen Unterschieden in ihren Fähigkeiten. Kagami, der kürzlich aus den USA zurückkehrte, verfügt über eine natürliche Begabung und eine unermüdliche Liebe zum Sport. Kuroko hingegen fehlt es an Präsenz und zeigt keine herausragenden Talente. Später enthüllt sich jedoch, dass er Teikous Phantom Sixth Man ist – der Spieler, der einst zur Generation of Miracles gehörte.
Kuroko möchte dem Seirin-Team beweisen, dass er auf seine eigene Weise stark ist. Angesichts dieser Überzeugung schließt Kagami eine dynamische Partnerschaft mit Kuroko ein, wobei dieser verspricht, Kagamis „Licht" als sein „Schatten" zu unterstützen. Gemeinsam mit ihren neuen Teamkollegen von Seirin streben sie danach, die bevorstehende Interhigh-Meisterschaft zu gewinnen, doch das Wiederauftauchen von Kurokos ehemaligen Teamkollegen verkompliziert ihren Plan.