Nachdem ein rätselhaftes außerirdisches Schiff mit der Erde kollidiert, wird der Menschheit klar, dass sie im Universum nicht allein ist. Beunruhigt über eine mögliche außerirdische Bedrohung legen die Nationen ihren Nationalismus, ihre gegensätzlichen Interessen und kulturellen Unterschiede beiseite und vereinigen sich unter den Vereinten Nationen. Die neu gegründeten UN-Streitkräfte beschließen, das außerirdische Fahrzeug umzubauen und taufen es SDF-1 Macross. Doch am Tag seiner ersten Reise erscheint eine Flotte von Raumschiffen einer als Zentradi bekannten außerirdischen Rasse über der Erde, und die SDF-1 Macross eröffnet aus eigenem Antrieb das Feuer auf das ankommende Geschwader, was einen interstellaren Konflikt entfacht.
Auf der Flucht versucht die Macross, sich in eine Mondumlaufbahn zu katapultieren, doch das Schiff – zusammen mit der Stadt, die es besetzte – wird in die entlegensten Weiten des Weltraums versetzt. Inmitten dieses Aufruhrs befinden sich Hikaru Ichijou, ein unbeschwerter Kunstflugpilot, und Minmay Lynn, eine hoffnungsvolle Sängerin. Diese beiden erleben gemeinsam mit der Besatzung der Macross eine epische Reise voller Kummer und Wirrnis und stellen sich dabei den harten Realitäten des Krieges.
