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Die Handlung spielt zwei Jahre nach der letzten Folge der Fernsehserie. Detective Sonia Summers verfolgt Bem und die anderen. Sie trifft auf Belo, der allein gegen eine schattenhafte Organisation kämpft. Er bringt sie zu Bem, aber Bem hat all seine Erinnerungen verloren und lebt in der Stadt als normaler Angestellter – zumindest glaubt er das.

Im Jahr A.G. 101, dem 101. Jahr des Advanced Generation-Kalenders, greift eine mysteriöse Streitmacht namens „UE“ (Unknown Enemy) die Raumkolonie Angel an und zerstört sie. Dieses verheerende Ereignis wird als „Der Tag, an dem Angel fiel“ in Erinnerung bleiben und markiert den Beginn des Überlebenskampfes der Menschheit. Die Handlung setzt im Jahr A.G. 108 ein, als die UE die Raumkolonie Ovan angreift, in der Flit Asuno mit seiner Mutter lebt. Flits Mutter wird bei dem Angriff getötet, und in ihrem Besitz – einem Objekt, das als „AGE Device“ bekannt ist – entdeckt er die Baupläne für eine legendäre Waffe aus der Vergangenheit: den uralten Retter namens „Gundam“. Mit diesen Bauplänen widmet Flit die nächsten Jahre dem Studium der Ingenieurwissenschaften auf einer Basis der Earth Federation auf der Raumkolonie Nora, wo er den AGE-1 Gundam entwirft. Sieben Jahre später, im Jahr A.G. 115, vollendet Flit den Gundam, gerade als die UE einen Angriff auf Nora startet. Der Kampf von Flit und seiner Blutlinie, die den AGE-1 pilotieren, um die Menschheit zu verteidigen, steht kurz bevor.

Als Teil der limitierten Auflage von Band 16 präsentiert diese Spezialfolge ein originelles Szenario, in dem Fumino, Mafuyu, Uruka, Rizu und Asumi an einer Hochzeitszeremonie teilnehmen.

Dieser Band enthält die Kapitel 48 und 49 und schildert das inszenierte Date von Yuiga und Asumi sowie einen Vorfall, bei dem Yuiga auf seine Lehrerin Mafuyu Kirisu trifft, nachdem sie versehentlich ihr Bikini-Oberteil verloren hat.

Mit Nariyuki Yuigas engagierter Betreuung erreichen seine Mitschüler Rizu Ogata, Fumino Furuhashi und Uruka Takemoto endlich durchschnittliche Noten in ihren schwächsten Fächern. Allerdings läuft die Zeit davon, und die drei Genies der Ichinose-Akademie haben noch einen langen Weg vor sich, bevor sie für ihre anstehenden Universitätsaufnahmeprüfungen bereit sind. Währenddessen kämpfen die Mädchen weiterhin damit, ihre Träume und ihre wachsenden Gefühle für ihren ahnungslosen Nachhilfelehrer unter einen Hut zu bringen. Zu ihnen gesellen sich Mafuyu Kirisu, eine Lehrerin, die aufgrund ihrer Vergangenheit als vielversprechende Eiskunstläuferin feste Überzeugungen über Bildung und natürliche Begabung hegt, und Asumi Kominami, die die Schule bereits abgeschlossen hat und eine nationale medizinische Universität besuchen möchte. Mit diesen beiden Neuzugängen wird die Sechsergruppe lebhafter denn je. Völlig mitgerissen von den urkomischen Eskapaden rund um seine neuen Freunde, stellt Yuiga fest, dass sein letztes Highschool-Jahr nun weit mehr umfasst als nur den Unterricht zu besuchen und zu lernen.

Nariyuki Yuiga, ein Schüler der dritten Klasse mit bescheidenem Hintergrund, gibt alles, um das prestigeträchtige VIP-Stipendium zu erringen, das sein gesamtes Universitätsstudium finanzieren würde. Der Schulleiter anerkennt seine Bemühungen und gewährt ihm das Stipendium, doch unter einer Bedingung: Er muss den besten Schülern der Schule in ihren schwachen Fächern Nachhilfe geben. Seine Schützlinge sind Rizu Ogata, ein Mathe-Genie, das einen geisteswissenschaftlichen Abschluss anstrebt; Fumino Furuhashi, ein literarisches Genie, das Naturwissenschaften studieren möchte; und Uruka Takemoto, eine sportliche Person aus Yuigas Kindheit, die in allen Fächern Schwierigkeiten hat. In We Never Learn erlebt Yuiga eine Reihe bizarrer und komischer Situationen, während er versucht, diese drei exzentrischen Schüler zu führen. Da Ogatas und Furuhashis Ambitionen ihren natürlichen Stärken widersprechen, muss Yuiga herausfinden, ob er ihnen erfolgreich helfen kann, ihre Ziele zu erreichen.

Nach dem Showdown gegen Magia Lupus gerät Mash Burnedeads Geheimnis um seine magiebefreite Natur ans Licht. Die Freude über den Sieg währt jedoch nur kurz, da das Bureau of Magic vor den Divine Visionaries zusammentritt und Mash einstimmig zum Tode verurteilt. Bevor das Urteil ausgeführt werden kann, greift die düstere Organisation Innocent Zero ein und übernimmt die Kontrolle über das Verfahren, wobei sie auf Mashs Überleben besteht. Selbst als Mash seine Kraft gegen Innocent Zero unter Beweis stellt, bleibt das Todesurteil bestehen. Zum Glück schreiten der Divine Visionary Rayne Ames und Schulleiter Wahlberg Baigan ein, um ihn zu unterstützen, und setzen die Hinrichtung erfolgreich bis zur Beseitigung der Schattenorganisation aus. Mash darf unter der Bedingung weiterleben, dass er bis Jahresende zum Divine Visionary Anwärter wird.

Nachdem der Oberschüler Kaname Sudou dem Angebot eines Mitschülers folgt, die mysteriöse mobile App Darwin's Game zu testen, lässt ihn seine Neugier dazu kommen, sie zu installieren. Sobald er das Programm startet, springt eine digitale grüne Schlange aus dem Display, beißt ihn in den Hals und er verliert das Bewusstsein. In der Schulklinik erwacht er ohne sichtbare Verletzungen, wird zur Ruhe aufgefordert und deutet den Vorfall zunächst als Halluzination, bevor er nach Hause geht. Doch da er seiner Neugier nicht widerstehen kann, öffnet Kaname die Anwendung erneut. Was wie ein gewöhnliches Kampfspiel beginnt, nimmt eine erschreckende Wendung, als sein virtueller Gegner in der realen Welt erscheint und ihn mit einer Klinge angreift. Während er um sein Leben flieht, wird Kaname klar, dass Darwin's Game kein lockeres Hobby ist, sondern ein tödliches Battle Royale.