Shinichi Kudou ist ein Highschool-Detektiv, der dafür bekannt ist, zahlreiche schwierige Fälle zu lösen. Als er eines Tages zwei zwielichtigen Männern folgt, die er bemerkt hat, stolpert er versehentlich über ein verstörendes Verbrechen. Auf frischer Tat ertappt, zwingen die Männer ihn, eine experimentelle Droge aus ihrem kriminellen Syndikat zu schlucken, und lassen ihn für tot zurück. Zu seinem Schock überlebt Shinichi, doch sein Körper ist auf den eines Siebenjährigen geschrumpft. Er behält seinen scharfen Verstand und verbirgt seine wahre Identität vor allen, einschließlich seiner Jugendfreundin Ran Mouri und ihres Vaters, des Privatdetektivs Kogorou Mouri. Er nimmt das Pseudonym Conan Edogawa an, ein Name, der von den Krimiautoren Arthur Conan Doyle und Ranpo Edogawa abgeleitet ist. Als Conan löst Shinichi heimlich Kogorous Fälle aus dem Schatten, indem er seine außergewöhnlichen detektivischen Fähigkeiten einsetzt, während er gleichzeitig verdeckt die Organisation untersucht, die seine Verwandlung verursacht hat, in der Hoffnung, eines Tages die Wirkung der Droge rückgängig zu machen.