Ein Meteoriteneinschlag offenbart eine potente neue Energiequelle namens Beamler, die den Kampfroboter GoShogun und die teleportierende Festung Good Thunder antreibt. Das Docougar-Verbrechersyndikat, angeführt von Verbrecherboss Neo Neros, versucht, dieses Energiegeheimnis von GoShoguns Erfinder zu stehlen, der sich selbst das Leben nimmt, um dies zu verhindern. Neo Neros nimmt daraufhin den Sohn des Erfinders ins Visier, doch der Junge wird gerettet und an Bord der Good Thunder gebracht. Dort schließt er sich der Besatzung in ihrem weltweiten Feldzug gegen Neo Neros' Streitkräfte mit GoShogun an.
