Drei Junior High School Mädchen – Hikaru Shidou, Umi Ryuuzaki und Fuu Hououji – sind einander fremd, bis das Schicksal während eines gewöhnlichen Schulausflugs zum Tokyo Tower eingreift. Ein blendender Lichtblitz und der verzweifelte Hilferuf einer geheimnisvollen Frau, „Cephiro“ zu retten, begleiten ihre plötzliche Entführung durch einen riesigen fliegenden Fisch. Sie landen in einem unbekannten Reich, wo sie einem Mann namens Clef, einem Meistermagier, begegnen.
Clef erklärt, dass sie von Prinzessin Emeraude herbeigerufen wurden, um die legendären Magic Knights zu werden, die damit beauftragt sind, Frieden und Harmonie in Cephiro wiederherzustellen. Einst eine lebendige und friedliche Welt, ist Cephiro ins Chaos gestürzt, seitdem der Hohepriester Zagato die Prinzessin, die als stabilisierende Säule des Landes diente, gefangen hält. Obwohl widerwillig, akzeptieren die Mädchen Clefs Erklärung als Realität und brechen zu einer Quest auf, um Cephiro aus den Fängen des Bösen zu befreien.