Ein jugendliches Mädchen besitzt die „Mystic Eyes of Death Perception“, eine übernatürliche Fähigkeit, die es ihr ermöglicht, die jedem Ding innewohnende „Tod“ zu sehen und ein Objekt zu zerstören, indem es seinen „Ursprung“ durchtrennt. Sie ist gerade aus einem zweijährigen Koma erwacht, das durch einen Autounfall verursacht wurde. Vor dem Unfall hatte sie zwei Persönlichkeiten: eine männliche namens Shiki (織) und die ursprüngliche weibliche Persönlichkeit, ebenfalls Shiki (式) genannt. Kinder, die in die Ryougi-Familie hineingeboren werden, sind normalerweise männlich und werden mit zwei Persönlichkeiten erzogen, sodass die männliche Persönlichkeit traditionell als die „Yang“-Persönlichkeit und die weibliche als die „Yin“-Persönlichkeit bezeichnet wird. Welche Shiki gerade spricht, lässt sich an ihren unterschiedlichen Sprachmustern erkennen – am auffälligsten ist, dass die weibliche Shiki das Pronomen watashi (私) verwendet, während die männliche Shiki ore (俺) benutzt. Nach dem Erwachen aus ihrem Koma stellt Shiki fest, dass sie die Anwesenheit der männlichen Shiki nicht mehr spüren kann und glaubt, dass dieser bei dem Unfall gestorben ist. Sie fühlt sich auch von ihren Erinnerungen vor dem Unfall entfremdet; obwohl sie weiß, dass sie Shiki ist, fühlt sie sich nicht so. In dem Versuch, sich selbst und die „tote“ Shiki wiederzufinden, nimmt sie eine kalte Fassade an, die der Art der männlichen Shiki ähnelt, und versucht, sich so zu verhalten, wie die weibliche Shiki es einst tat. Touko versteht das Gefühl der Loslösung, das Shiki erlebt, betrachtet die aktuelle Shiki jedoch als eine dritte, völlig neue Persönlichkeit. Die Serie spielt im selben Universum wie ein weiteres TYPE-MOON-Werk, Tsukihime. Touko Aozaki, die Schwester von Aoko Aozaki, tritt in dieser Serie auf, und die Protagonistin, Shiki Ryougi, teilt die gleichen Fähigkeiten wie die Hauptfigur von Tsukihime, Shiki Tohno.