Vor siebzehn Jahren erschienen unsterbliche Soldaten, genannt göttliche Krieger, auf afrikanischen Schlachtfeldern. Diese Wesen, später Ajin oder Halbmenschen genannt, wurden als eine der bedeutendsten Entdeckungen der Menschheit gefeiert. Offiziell erklärte die Regierung sie mit Menschen kompatibel, aber es halten sich Gerüchte, dass Kopfgeld auf gefangene Ajin ausgesetzt wird, damit sie geheimen, unmenschlichen Experimenten unterzogen werden können.
Kei Nagai, ein gleichgültiger Oberschüler, der Arzt werden will, wünscht sich nur ein normales Leben. Dieser einfache Wunsch zerbricht, als er in einen tödlichen Verkehrsunfall verwickelt wird. An der Unfallstelle wiederbelebt, wird er sofort von Zeugen, die auf die Belohnung aus sind, als Ajin gebrandmarkt. Unfähig, seine eigene Unsterblichkeit zu begreifen oder seine Unschuld zu beweisen, flieht Kei und kämpft ums Überleben. Er entgeht nur knapp der Gefangennahme durch die Regierung, als eine Gruppe anarchistischer Ajin Kontakt aufnimmt und ihn drängt, sich ihren Kräften anzuschließen und gegen die Regierung zurückzuschlagen. Während der Konflikt zwischen Menschen und Ajin eskaliert, muss Kei entscheiden, wer sein wahrer Feind ist und auf welche Seite er sich stellen wird.