Ninja in Japan waren traditionell für ihre unerschütterliche Loyalität gegenüber ihren Herren bekannt, aber in der heutigen Zeit hat der Oberschüler Rekka Hanabishi – der sich selbst als Ninja bezeichnet – Schwierigkeiten, dieses Erbe aufrechtzuerhalten. Das ändert sich, als er ein sanftes Mädchen namens Yanagi Sakoshita vor einer Gruppe von Schlägern rettet.
Nach dem Vorfall entscheidet Rekka, dass Yanagi es wert ist, seine Meisterin zu sein, und schwört, sie zu beschützen. Als Zeichen ihrer Verbundenheit offenbaren sie ihre tiefsten Geheimnisse: Yanagi besitzt die Fähigkeit, Wunden schnell zu heilen, während Rekka mit einem Fingerschnippen Flammen beschwören kann. Doch dieser Austausch bleibt nicht unbemerkt. Eine mysteriöse Frau namens Kage Houshi erscheint, die von ihren Kräften weiß, und bedroht sie. Sie besteht darauf, dass Rekka zu ihr zurückgebracht werden muss, und behauptet, er sei der Einzige, der sie töten könne.
Obwohl das Paar sich behauptet, entfernt sich Kage Houshi ruhig, bevor die Situation eskaliert. In dem Glauben, die Gefahr sei vorüber, nehmen Rekka und Yanagi ihren Alltag wieder auf, ohne zu ahnen, dass sie in eine jahrhundertealte Ninja-Verschwörung verwickelt werden, die ihr eigenes Leben und das ihrer Freunde gefährden wird.
