In 20XX spielend, wurden die Ninja, die einst die Geschichte Japans prägten, nach der Meiji-Restauration über das ganze Land verstreut. Als sie sich mit anderen Clans vermischten, verdünnte sich ihre Blutlinie und sie verschwanden allmählich aus dem Blickfeld. Die Nachkommen dieser Ninja-Familien, die ihr Erbe schützen wollten, gründeten die WNA (World Ninja Association) mit dem Ziel, ihr Vermächtnis fortzuführen.
So gelang es der WNA, Ninja-Gum zu erschaffen, eine Technik, die die Kraft der Shinobi beschwören kann. Doch um das wirksamste Ninja-Gum herzustellen, wird die stärkste Ninja-DNA benötigt. Folglich wurde das Ninjala-Turnier ins Leben gerufen, um den mächtigsten aller Ninja zu ermitteln.