Ein Jahrhundert ist seit den Ereignissen von Harukanaru Toki no Naka de 2 (zwei Jahrhunderte nach dem ursprünglichen Anime) innerhalb der vergangenen Zeitlinie vergangen, während in der Zukunft nur eine kurze Zeitspanne verstrichen ist. Die Oberschülerin Kasuga Nozomi trifft auf ihrem Campus einen geheimnisvollen Jungen, der sie durch Zeit und Raum nach Kyou transportiert – einem Reich, das Kyoto gegen Ende der Heian-Zeit ähnelt. Dort kämpft der Minamoto-Clan (Genji) unter Minamoto no Yoritomo gegen den Taira-Clan (Heike), angeführt von Taira no Kiyomori. Die Heike versuchen, die Genji zu besiegen, indem sie rachsüchtige Geister entfesseln, die den natürlichen Energiefluss des Landes stören und die Region terrorisieren. Der Junge entpuppt sich als die menschliche Inkarnation von Hakuryuu, dem Weißen Drachen Gott, der Kyou beschützt, aber seine Macht wird durch die Anwesenheit der rachsüchtigen Geister geschwächt. Als die Hakuryuu no Miko (Priesterin des Weißen Drachen Gottes) stellt sich Nozomi auf die Seite der Genji, da Hakuryuu sie nicht nach Hause bringen kann, bis seine Stärke wiederhergestellt ist.