In einer Welt, in der Pokémon koexistieren und kommunizieren, bewahren legendäre Artefakte namens Zeitsteine den Zeitfluss in ihren jeweiligen Regionen. Das Entfernen eines Zeitsteins aus seiner Position friert die Zeit in diesem Gebiet ein, sodass selbst bösartige Pokémon es vermeiden, sie zu stehlen. In letzter Zeit haben sich jedoch zeitliche Anomalien über das Land ausgebreitet, die dazu führen, dass Mystery Dungeons erscheinen und Pokémon gewalttätig werden. Erkundungsteams aus Pokémon haben sich gebildet, um diese Verliese zu untersuchen, die aggressiven Pokémon zu fangen und die Ordnung wiederherzustellen.
Die Störungen in der Zeit sind nicht auf den kürzlichen Diebstahl der Zeitsteine zurückzuführen, sondern darauf, dass der Temporal Tower allmählich zusammenbricht und sich Dialga in Dunkel-Dialga verwandelt. Juptile, notorisch für Diebstähle, stahl die Zeitsteine, um sie zum Temporal Tower zu bringen und dessen Verfall zu stoppen. Das Erkundungsteam Team Pokédans – bestehend aus Hikozaru und dem einst menschlichen Pochama – muss sich mit Juptile zusammentun, um ins Phantom Land zu reisen, wo der Temporal Tower steht. Wenn das Trio scheitert, wird der Turm vollständig zerfallen und die gesamte Welt für immer in der Zeit einfrieren.