Die Handlung dieses neuen Projekts spielt an Bord der Megazone 11, einer Raumkolonieschiffsflotte, die sich von der Megazone 23 aus dem Original-Video-Anime von 1985 unterscheidet. Die Hauptschiffe der Megazone 11 sind als realistische Nachbildungen von Erdenstädten wie Tokio konstruiert, während ein Satellitenschiff eine kleinere japanische Provinzstadt um das Jahr 2020 widerspiegelt. Sakura, eine gewöhnliche Schülerin im zweiten Jahr der Mittelschule, die auf dem Satellitenschiff lebt, führt eine geheime Identität als eine Hälfte eines Gesangsduos mit einer online verbundenen Person namens Eve. Mittlerweile entflammt eine Widerstandsbewegung auf einem der Mutterschiffe. Die Rebellen streben nach Unabhängigkeit und zielen darauf ab, die Kontrolle über Tiamat zu erlangen, das System, das die Flotte regiert, obwohl der Schlüssel zur Freischaltung vor achtzig Jahren in einer Schlacht verloren ging. Als Gerüchte über das Wiederauftauchen des Schlüssels kursieren, bemühen sich sowohl die Regierung als auch der Widerstand, ihn zu finden. Während eines Ausflugs nach Akihabara auf dem Tokio-Schiff, um Eve zu treffen, wird Sakura in einen Terroranschlag am Bahnhof verwickelt. Von Eve aus der Ferne in Sicherheit geleitet, trifft Sakura auf Garland XI, einen sich verwandelnden Motorrad-Roboter-Mecha, den Eve ihr zu nutzen befiehlt.
