Als Yun Arikawa und sein Partner Haberu Katou ein angeblich spukendes Haus untersuchen, stoßen sie unbeabsichtigt auf ein Geheimnis, das bald den gesamten Planeten verschlingen wird. Während sie ungewöhnliche Radiowellen messen, werden sie von Mei Kamino kontaktiert, einer Doktorandin, die dasselbe Signal untersucht und dabei Geräte nutzt, die zuvor von ihrer Firma installiert wurden. Nach einer bizarren Nacht nimmt Yun seine Arbeit bei der Ootaki Factory wieder auf, einem Technologieunternehmen, das sich dem Bau von Jet Jaguar widmet, einem Roboter, der vom Verschwörungstheoretiker Gorou Ootaki ersonnen wurde. Als jedoch fliegende dinosaurierähnliche Kreaturen, bekannt als Rodan, von den seltsamen Signalen angezogen werden, scheint Jet Jaguar die einzige Verteidigung gegen sie zu sein. Während Yun und Mei das plötzliche Auftauchen der Rodan untersuchen, tauchen aus dem Meer weitere gefährliche Monster auf, begleitet von einem rätselhaften roten Staub.