Handlung
Ayato Kaminas friedliches Leben als Oberschüler wird jäh gestört, als futuristische Kampfflugzeuge plötzlich Tokio angreifen. Im Chaos trifft er eine Frau namens Haruka Shitow, die behauptet, von einer Regierungsorganisation namens TERRA zu sein. Sie enthüllt, dass Ayato in einer Zeitblase namens Tokyo Jupiter gelebt hat, die von den Mulianern – Humanoide aus einer anderen Dimension – erschaffen wurde, um Tokio zu isolieren und zu erobern. TERRA versucht seit jeher, die Barriere der Stadt zu durchbrechen. Überwältigt von dieser Offenbarung gerät Ayato in Panik und flieht. Er trifft auf seine Mitschülerin Reika Mishima, die ihn zum Schrein von Xephon führt, wo ein großes Ei schlummert. Sie beginnt zu singen, und eine unbekannte Macht erwacht in Ayato, die ihn mit einem Wesen namens RahXephon verbindet, das aus dem Ei ausbricht. Haruka findet ihn bald wieder und drängt ihn, sich ihrem Kampf gegen die Mulianer anzuschließen. Gefangen zwischen den Fronten der Mulianer und TERRA beginnt Ayato, seinen Zweck zu hinterfragen, kämpft mit veränderten Erinnerungen und letztlich mit seiner eigenen Identität in dieser chaotischen neuen Welt.