Vor drei Jahrzehnten vernichtete ein katastrophales Raumbeben einen Großteil der eurasischen Landmasse und forderte über 150 Millionen Todesopfer, verursacht durch ein Phänomen unbekannter Herkunft. Seither ist die Welt periodischen, wenn auch schwächeren seismischen Störungen ausgesetzt. Shidou Itsuka, ein durchschnittlicher Oberschüler, der mit seiner jüngeren Schwester Kotori zusammenlebt, sieht sein Leben durcheinandergebracht, als ein gewaltiges Raumbeben die Stadt Tengu bedroht. Während Shidou eilt, um Kotori zu retten, wird er in das Epizentrum gerissen und trifft auf ein geheimnisvolles Mädchen namens Spirit, eine überirdische Wesenheit, die für diese Katastrophen verantwortlich ist. Gefangen zwischen dem Spirit und dem Anti-Spirit-Team, einer militaristischen Organisation, die auf die Vernichtung der Spirits abzielt, kommt Shidou auch Ratatoskr, einer Gruppe, die den Schutz der Spirits zum Ziel hat. Überraschenderweise wird diese Fraktion von seiner eigenen Schwester Kotori geleitet. Sie rekrutiert Shidou, um die Gefahr auf eine besondere Weise zu neutralisieren: Er muss die Spirits dazu bringen, sich in ihn zu verlieben. Da das Überleben des Planeten auf dem Spiel steht, muss Shidou seine romantischen Fähigkeiten einsetzen, um jeden Spirit zu bezaubern und seine Macht zu versiegeln.