Handlung
Im Jahr 2148, zwei Jahre nach dem Ende der Fafner in the Azure-Fernsehserie, haben Tatsumiya-Insel und ihre verbliebenen Bewohner eine gewisse Erholung erreicht. Allerdings hat sich die Situation des Protagonisten Kazuki verschlechtert: nahezu blind und teilweise gelähmt durch seine Kämpfe mit den Festum zwei Jahre zuvor, hält er an dem Versprechen seines gefallenen Freundes Soushi fest, auf die Insel zurückzukehren und alles in Ordnung zu bringen. Kazukis Hoffnung steigt, als eines Nachts eine Lebensform in einem unbemannten U-Boot entdeckt wird, das in die Tatsumiya-Bucht treibt, aber die Person an Bord ist nicht Soushi – stattdessen handelt es sich um einen mysteriösen Jungen namens Misao Kurusu, der möglicherweise nicht vollständig menschlich ist und behauptet, von Soushi geschickt worden zu sein. Mit Misao Kurusus Ankunft entbrennt der Konflikt zwischen der Menschlichen Armee und den Festum erneut, und die Fafner-Piloten stehen vor ihrem verzweifeltsten Kampf, diesmal mit dem Schicksal zweier Rassen auf dem Spiel.