Während das dritte Jahrtausend zu Ende geht, kämpft das Sonnensystem darum, sich von einem katastrophalen Krieg zwischen den Planeten zu erholen. Eine neue Bedrohung taucht dann im System auf, angetrieben von einem Verlangen nach Zerstörung und Herrschaft. Dieser Bedrohung stellt sich die Earth Defense Force, zusammen mit ihrem streng geheimen X Project.
