Handlung
Nachdem Leader X am Ende von Gatchaman II scheinbar endgültig zerstört wurde, wächst ein überlebendes Fragment von ihm heran und verwandelt sich in Z. Gemeinsam mit dem Oberhaupt der Familie Egobossler, Graf Egobossler (und seinen beiden Untergebenen Mechandol und Kempler), ist Z entschlossen, die Erde zu zerstören und erneut das Science Ninja Team ins Visier zu nehmen. Nach Andersons Tod wird Dr. Nambu der neue Leiter der ISO, während das Team auf die Unterwasserbasis Gallatown (auch „G-Town“ genannt) beschränkt wird. Ingenieur Kamo wird vorgestellt, und nachdem der neue GodPhoenix früh zerstört wird, erhält das Team den neuen Gatchaspartan als Mech. Der Gatchaspartan verfügt auch über einen speziellen Modus namens Hypershoot, den nur Ken (mit seinem neuen „Gatchafencer“-Schwert) einsetzen kann. Im Verlauf der Geschichte wird offenbart, dass die Strahlenbelastung durch die häufige Nutzung des Hypershoot Ken langsam tötet und eine fortgesetzte Nutzung zum Tod führen würde. In der Zwischenzeit plant Z, die Erde mit einem Antimaterie-Asteroiden mit dem Codenamen „Poison Apple“ zu zerstören.