Handlung
Ein Jahrhundert, nachdem massive tektonische Verschiebungen den größten Teil Japans überflutet haben, gedeiht die Nation nun als maritime Gesellschaft. Wohlhabende Städte säumen die Küsten, und gut verteidigte Seewege werden von spezialisierten Marineschiffen aufrechterhalten. Die Meeresindustrie boomt, und junge Frauen streben eifrig danach, den Blauen Meerjungfrauen beizutreten – Elite-Seeleute, die ihr Leben dem Schutz der Ozeane widmen. Nach einer langen Trennung wiedervereint, schreiben sich die Kindheitsfreundinnen Akeno Misaki und Moeka China an der Yokosuka Girls' Marine High School ein, wo sie andere treffen, die ihren Ehrgeiz teilen, Blaue Meerjungfrauen zu werden. Bald beginnen Trainingsübungen, und Akeno und Moeka erhalten das Kommando über ihre eigenen Schiffe und Besatzungen. Akeno findet sich reibungslos in ihre Rolle als Kapitänin auf dem Zerstörer Harekaze ein und fördert die Kameradschaft unter ihrer Crew. Doch als unerwartete Motor- und Navigationsausfälle das Schiff manövrierunfähig machen, sieht sich die Crew einer ernsten Gefahr gegenüber. High School Fleet folgt der tapferen Besatzung der Harekaze, während sie gefährliche Gewässer durchqueren und Hindernisse auf ihrem Weg zu vollwertigen Blauen Meerjungfrauen überwinden.