Das Babylon-Projekt stellt eine massive Stadterneuerungsmaßnahme in Tokio dar, bei der künstliche Inseln in der Bucht gebaut werden. Durch den Einsatz von Labors, spezialisierten Robotern für die Arbeit, beschleunigen Architekten und Bauteams die Neugestaltung der Stadt. Nachdem jedoch eine zentrale Figur hinter dem Projekt unter verdächtigen Umständen tot aufgefunden wird, die auf einen Selbstmord hindeuten, wird Captain Kiichi Gotous Patlabor-Einheit damit beauftragt, die seltsamen Umstände zu untersuchen. Als mehrere Labors eine Fehlfunktion aufweisen und ein kompromittiertes KI-Programm die Bewohner Tokios bedroht, operieren die junge Noa Izumi, die einen Patlabor steuert, und ihr Patlabor Alphonse unter Gotous Kommando, um eine katastrophale biblische Verschwörung zu verhindern, die die Stadt und die Nation zerstören soll.

In diesem Teil

Drei Jahre nach der Auflösung der Babylon-Projekt-Verschwörung sind die Mitglieder von Kiichi Gotous Patlabor-Einheit getrennte Wege gegangen. Gotou bleibt zusammen mit Shinobu Nagumo, seiner Kollegin und romantischen Interesse, beim Patlabor-Team. Eine Terrororganisation, die von innen heraus aus dem Militär operiert, nutzt das Misstrauen der Öffentlichkeit gegenüber der japanischen Bodenselbstverteidigungsstreitkräfte aus und beginnt, Zerstörung und weit verbreitete zivile Unruhen in Japan zu verursachen. Nagumo erfährt, dass der Drahtzieher der sich zuspitzenden Handlung Yukihito Tsuge ist, ihr ehemaliger Mentor und Geliebter. Gotou stellt sein ursprüngliches Patlabor-Team wieder zusammen, angeführt von Noa Izumi, die den Patlabor steuert. Während das Team sich aufmacht, Tsuge festzunehmen, muss Nagumo sich ihren komplizierten vergangenen Beziehungen stellen, um Japan zu retten.