Handlung
Im Jahr T.C. 4767, vier Jahrtausende nachdem die Menschheit von der Erde geflohen ist, sieht sie sich einer existenziellen Bedrohung durch die feindlichen Aliens der Gnosis gegenüber. Um dieser Gefahr zu begegnen, erschuf die für Vector arbeitende Ingenieurin Shion Uzuki KOS-MOS, eine hochleistungsfähige spezialisierte Androidin. Nachdem ihr Schiff von den Gnosis vernichtet wird, werden Shion und ihre Verbündeten in einen chaotischen Konflikt gestürzt, in dem weder Verbündete noch Feinde klar erkennbar sind.