Handlung
Zwei Jahrzehnte vor den Ereignissen der Geschichte zerstört ein Asteroid auf Kollisionskurs mit der Erde den Pluto. Die Zerstörung stoppt den Asteroiden namens Thanatos, und er wird für eine Weile stationär. Um die drohende Vernichtung der Erde zu verhindern, startet die International Solarsystem Development Agency (ISDA) das „D-Project“ und entdeckt ein Drachenei unter dem Ozean, aus dem sie den „Dragonaut“ erschafft. Diese Waffe soll den Asteroiden zerstören, sobald er seinen Kurs wieder aufnimmt. Doch die ISDA erkennt bald, dass der Asteroid nicht die einzige Gefahr ist, denn auf der Erde tauchen zerstörerische drachenartige Kreaturen auf. Jin Kamishina, ein 18-jähriger Junge, der vor zwei Jahren seine Familie bei einem Shuttle-Unfall verloren hat, wird Zeuge, wie eine dieser Kreaturen jemanden tötet. Er gerät in die Geheimnisse um die Drachen und wird zum Piloten des Dragonaut auserkoren. Ein mysteriöses Mädchen namens Toa rettet ihn, nachdem die Kreatur ihn angreift und er in den Tod zu stürzen droht, und begleitet ihn auf seiner Reise. Während sie tiefer in die Geheimnisse der Drachen eintauchen, begegnen sie sowohl neuen Verbündeten als auch Gegnern, und ihre Bindung wird stärker.