Handlung
Der ältere Bruder der elfjährigen Sara Werec, Ralph, wurde an die Front eines interstellaren Konflikts 130 Lichtjahre entfernt entsandt, und sie schwor sich, eines Tages als Kameradin an seiner Seite zu stehen. Fünf Jahre später besucht Sara die Grapera Space Armed Soldier Academy, um eine Reasonerin zu werden – die Pilotin einer fortschrittlichen Waffenplattform, die als Strain bekannt ist. Als feindliche Streitkräfte einen plötzlichen Angriff auf die Akademie starten, liefert sich Sara einen Kampf mit einem anderen Strain, der sie schnell überwältigt. Nachdem ihr Fluggerät außer Gefecht gesetzt wurde, enthüllt sich der Pilot als ihr Bruder Ralph. Er metzelt alle anderen Schüler nieder und zerstört die Schule, bevor er verschwindet, was Sara daran zweifeln lässt, an alles zu glauben, was sie einst für wahr hielt. Soukou no Strain begleitet Sara, während sie ihre Ausbildung unter einer anderen Identität wieder aufnimmt, nun entschlossen, sich ihrem Bruder zu stellen und die Gründe für sein Handeln zu verstehen.