Handlung
In einer abgelegenen Wüste des Planeten Zi stößt ein Junge namens Van auf eine verlassene, verfallende Einrichtung. Im Inneren entdeckt er einen mysteriösen undurchsichtigen Kokon, der von selbst aufbricht und einen dinosaurierähnlichen Roboter namens "Organoid" zum Vorschein bringt. Van nennt die Kreatur Zeke und beansprucht sie als sein eigenes, doch bald wird er von einer Bande von Banditen verfolgt, die den Organoid an sich reißen wollen. Diese Banditen sind mit "Zoids" bewaffnet, tierförmigen mechanischen Einheiten, die für den Kampf entwickelt wurden. Van gelingt es, sie abzuwehren, indem er einen alten Zoid namens "Shield Liger" wiederbelebt und mit ihm verschmilzt. Van kehrt mit Zeke in die Einrichtung zurück und findet einen weiteren Kokon. Voller Vorfreude auf einen zweiten Organoid beobachtet er, wie der Kokon aufbricht – doch statt eines Roboters kommt ein Mädchen zum Vorschein. Sie hat keine Erinnerung an ihre Vergangenheit, weiß nur, dass ihr Name Fiona ist und dass sie ein Objekt namens "Zoid Eve" finden muss. Entschlossen, die Wahrheit hinter ihrer Existenz zu enthüllen, macht sich Fiona gemeinsam mit Van und Zeke auf den Weg, um zu entdecken, was die Zoid Eve wirklich ist. Auf ihrer Reise begegnet das Trio vielen Verbündeten und Feinden, stellt sich verschiedenen Gefahren und teilt unbeschwerte Momente miteinander.